只对女性有反应、世界最强的超级兵器“InfiniteStratos”，通称IS。因为IS的问世，性别平等被破坏，世界变成女尊男卑的社会。主人公织斑一夏在高中的入学考试时误入IS操纵者育成学校“IS学园”的考试会场，并意外地启动了IS。成为全世界关注的“世界上唯一能操纵IS的男性”的一夏，被政府强制就读向来只有女性的IS学园。于是，织斑一夏从成为女校中的万红丛中一点绿，从他青梅竹马的剑道少女筱之之帚...